O Nether é um mundo separado introduzido em uma atualização que pode ser acessado somente por um portal que precisa ser construído e ativado pelo jogador. Este mundo tem propriedades particulares interessantes: enquanto o mundo principal tem um céu aberto com um ciclo regular de dia/noite, o Nether não possui nenhum destes - está totalmente fechado em todos os lados sem noção de tempo. O Nether não tem tempo e por isto relógios levados para lá giram randomicamente, sem funcionar. É particularmente perigoso, sendo uma batalha constante para permanecer vivo, e não tem nenhum tipo de recurso diferenciador que o jogador possa usar como referência, exceto o portal utilizado para entrar.
O the-end é um mundo pareçido com o Nether mas tem um boss chamado Ender Dragon e umas torres que têm de ser destroidas para impedir o Dragão de ganhar vida novamente. É a etapa final do jogo derrotar o boss ( Ender Dragon)
